L’origine du Daitō-ryū Aiki-jūjutsu peut être attribuée à l’empereur Seiwa en 850 après J.-C. Longtemps gardé secret sous le clan Minamoto, l’art était utilisé par l’armée de l’empereur et la garde privée. Finalement, l’art a été transmis à Minamoto Yoshimitsu, un descendant de l’empereur Seiwa, et a été perfectionné par lui en observant les mouvements naturels d’une araignée piégeant sa proie. Pendant la guerre de Gosamen (1083-1087 après J.-C.), Minamoto Yoshimitsu combattit aux côtés de ses frères contre le clan Kiyohata et en profita pour étudier les corps de soldats ennemis tombés au combat afin d’affiner encore plus l’art. Pendant les siècles suivants, il fut continuellement perfectionné et transmis aux générations successives des clans de samouraïs jusqu’à la dernière bataille de samouraï le 24 septembre 1877. Daitō-ryū Aiki-jūjutsu est devenu un trésor culturel, et pour assurer que les compétences développées au cours du passé les siècles ne seraient pas perdus, Sensei Takeda Sōkaku l’a ouvert au reste du Japon.
Takeda Sōkaku est né le 10 octobre 1859 à Oike, Aizu, aujourd’hui préfecture de Fukushima. Enfant, Sōkaku a appris le kenjutsu, le bojutsu, le sumo, le Daitō-ryū de son père et a également étudié Ono-ha Itto-ryū au dojo Yokikan sous Shibuya Toba.
En 1873, Sōkaku voyagea avec son père au dojo de l’épéiste, Sakakibara Kenkichi. Là, il est resté en tant qu’étudiant vivant et s’est entraîné avec les meilleurs épéistes – dont beaucoup avaient été membres de l’école d’arts martiaux exclusive Kobusho. Il a finalement maîtrisé de nombreuses compétences et armes différentes, notamment l’épée (ken), le bâton (bo), le demi-bo (hankyu), le bâton court (jo) et le lancer de fléchettes (shuriken). Plus tard, il a également reçu une licence dans les arts de la lance du Hōzōin-ryū. Dans ses dernières années, Sōkaku concentra ses activités d’enseignement à Hokkaido et mourut le 25 avril 1943 à l’âge de 83 ans.
Après la mort de Sokaku en 1943, son troisième fils Takeda Tokimune lui succéda à la tête de la famille Takeda et directeur (soke) du Daitō-ryū. Tokimune est né le 7 octobre 1916 à Hokkaido et, enfant, son père l’a formé strictement à l’épée et au Daitō-ryū Aiki-jūjutsu. Il accompagnait souvent Sokaku dans ses voyages et agissait en son nom en tant que kyoju dairi (assistant instructeur). Tokimune a commencé à travailler pour partager l’art avec un public plus large en organisant des séminaires dans divers endroits du Japon, et le 7 février 1981, Tokimune a présenté Daitō-ryū lors d’une grande manifestation publique d’arts martiaux classiques qui a été diffusée à la télévision nationale japonaise. Cette démonstration comprenait tachiai rokunin zume (épingler 6 adversaires essayant de le retenir d’une position debout) et newaza kyunin nage (lancer 9 adversaires essayant de l’épingler sur son dos); ainsi, les techniques du Daitō-ryū Aiki-jūjutsu et sa propre habileté à les exécuter ont immédiatement attiré l’attention du monde du budo japonais.